Uno de los más notables monumentos virreinales del siglo XVII, cuya edificación dio principio en 1633, cuando llegaron los fundadores bajo la dirección del presbítero Don Juan de Aragón, quienes organizaron desde Europa la “Pía Unión” o “Concordia” en 1661. Pero quien se distingue por consolidar y robustecer este oratorio, por haber solicitado y obtenido la autorización del papa Clemente XIII, allá en los años de 1728 a 1729, fue el Lic. y presbítero Don Juan Saenz de Leyva Cantabrano y Zorrilla.
Sin embargo la construcción formal comenzó hasta 1733 y terminó el 17 de enero de 1773, excepto los campanarios que datan del siglo XIX, fecha en que se consagró a la virgen del Patrocinio y desde luego al fundador de la congregación San Felipe Neri, cuya imagen se admira en el altar mayor, obra de arte de primera magnitud en donde sobresale el más puro estilo de Churriguería Mexicana.