In dieser Region, von fünfhundert Jahren vor unserer Zeitrechnung, fanden wir die Anwesenheit von Landwirtschaftsvölkern, deren Spuren in Orten wie Chupícuaro, Guanajuato und Cerro de la Cruz in San Juan del Río gefunden wurden.
Das North Center wurde von verschiedenen Gruppen besetzt – unter anderem von Totomies, Nahuas, Tarascos, Pames und Jonaces – die sich in einem Feld der Begegnung zwischen den landwirtschaftlichen Gruppen und den Seminomadischen Gruppen bewegten, die von den Nahuas des Altiplano generisch als chichimecos anerkannt wurden.
Diese Stadt hatte auch aztekische Anwesenheit, besonders am Fall des Großen Tenochtitlán. Es war genau zu dieser Zeit, als eine Gruppe von Otomíes unter dem Kommando von Mexici (getauft Juan) hier gegründet wurde und mit dieser, als 1531 die Caciques des bereits eroberten Jilotepec, unterstützt von den Spaniern, San Juan del Río fanden.