Cinq cents ans avant notre ère, nous avons trouvé dans cette région des peuples d’agriculteurs, dont les empreintes ont été retrouvées dans des endroits tels que Chupícuaro, Guanajuato et Cerro de la Cruz, à San Juan del Río.
Le Centre Nord était occupé par divers groupes – entre autres, des otomies, des nahuas, des tarascos, des pames et des jonaces – qui se sont déplacés dans un champ de rencontre entre les groupes agricoles et les groupes séminomadiques, généralement reconnus par les Nahuas de l’altiplano.
Cette ville avait également une présence aztèque, en particulier lors de la chute du Grand Tenochtitlán. C’est précisément à cette époque qu’un groupe d’Otomíes commandé par Mexici (baptisé Juan) s’est établi ici et c’est avec celui-ci qu’en 1531, les caciques du Jilotepec déjà conquis, soutenu par les Espagnols, fondèrent San Juan del Río.