Fue construido por el arquitecto queretano, Francisco Martínez Gudiño, a iniciativa de María Josefa Lina de la Canal y Hervás.
A la muerte de sus padres, María Josefa Lina de la Canal heredó un capital de 70,000 pesos. Hacia 1751 con escasos quince años de edad, dio a conocer sus deseos de ser religiosa al padre Luís Felipe Neri de Alfaro, quien le recomendó trasladarse al santuario de Atotonilco, para que con el amparo de la oración y de la penitencia definiera sus pensamientos. Tras ocho días de encierro, reiteraba no sólo su decisión por tomar los hábitos, sino también de fundar un convento en la villa de San Miguel el Grande dedicado con profundo fervor a la inmaculada Concepción, empleando el capital que le había heredado su padre.
Desde los primeros momentos de la fundación del convento, María Josefa de la Canal trabajó para sostener económica y espiritualmente el proyecto que ella misma había ideado. Murió cinco años después de que se inaugurara el convento de la Concepción (el 9 de agosto de 1770).
El Templo de la Concepción posee una valiosa colección pictórica, obra de renombrados pintores novohispanos del siglo XVIII; como Miguel Cabrera, Juan Rodríguez Juárez; Jesús Gómez y Miguel Antonio Martínez de Pocasangre (quien decoró el templo del Santuario de Atotonilco).
Ubicación: Hernández Macías esq. con Canal, 37700, San Miguel de Allende, Guanajuato.