Su historia se remonta al año 1732, cuando se creó bajo el nombre de Hospicio de la Santísima Trinidad. El 27 de agosto de 1827, con el primer gobierno constitucional, la escuela cambia de nombre por Colegio de la Inmaculada Concepción, cayendo bajo la responsabilidad del estado y creando así las facultades de derecho, pintura, escultura y arquitectura. En 1867, cambió de nombre otra vez para llamarse Colegio del Estado. Durante este período, hubo una expansión en la investigación, así como en el desarrollo de nuevos programas técnicos. Finalmente, en 1945, el colegio cambió su nombre por última vez por el de Universidad de Guanajuato y en 1994 alcanza el reconocimiento como Universidad autónoma, quedando libre de la legislatura del gobierno.
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