San Juan del Rio markierte zusammen mit Santiago de Querétaro eine Schutzgrenze während der Konfrontation zwischen den Chichimeca-Gruppen, die Barbaren genannt wurden, und dem viceregalischen Expansionismus; Später waren beide Städte der Zwischenpunkt zwischen den Bergbaubetrieben von Zacatecas und San Luis Potosí mit Mexico City.

Der Camino Real de Tierra Adentro, auch als Camino a Santa Fe bekannt, war eine 2560 Kilometer lange Handelsroute, die von Mexiko-Stadt nach Santa Fe, New Mexico, USA führte. UU aktiv von der Mitte des sechzehnten Jahrhunderts bis zum neunzehnten Jahrhundert.